1、申请：申请人向分中心提出申请，领取申请表，填写后领取相关文件。
2、签订有机食品认证检查合同：申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订合同。之后申请人进一步准备材料，并拷贝给分中心。
3、初审：分中心对材料进行初审，再将审核意见拷贝给认证中心，认证中心做出检查决定。
4、实地检查：认证中心派出检查员，对申请人的管理体系、生产过程等方面进行实地检查。
一、有机食品标志认证的规则和流程
1、申请
（1）申请人向分中心提出正式申请，领取《有机食品认证申请表》和交纳申请费。
（2）申请人填写《有机食品认证申请表》，同时领取《有机食品认证调查表》和《有机食品认证书面资料清单》等文件。
（3）分中心要求申请人按本标准的要求，建立本企业的质量管理体系、质量确保体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。
2、签订有机食品认证检查合同
（1）申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
（2）根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用的 50% ，以保证认证前期工作的正常开展。
（3）申请人委派内部检查员（生产、加工各1人）搭配认证工作，并进一步准备相关材料。
（4）所有材料均使用书面文件和电子文件各一份，拷贝给分中心。
3、初审
（1）分中心对申请者材料进行初审，对申请者进行综合审查。
（2）分中心将审核意见和申请人的全部材料拷贝给认证中心。
（3）认证中心审查并做出“何时”进行检查的决定。
（4）当审查不合格，认证中心通知申请人且当年不再受理其申请。
4、实地检查
（1）全部材料审查合格以后，认证中心派出有资质的检查员；
（2）检查员应从认证中心或分中心处取得申请人相关资料，依据认证准则要求，对申请人质量管理体系、生产过程控制体系、生产和加工、运输和贸易进行实地检查。
（3）必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。
5、编写检查报告
（1）检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告。
（2）检查员在检查完成后两周内将检查报告送达认证中心。
6、综合审查评估意见
（1）认证中心根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检查员的检查报告和样品检验报告等进行综合审查评估，编制颁证评估表。
（2）提出评估意见并报技术委员会审议。
7、认证决定人员决议
认证决定人员，对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出 同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定，证书有效期为一年。
（1）同意颁证
申请内容完全符合有机食品标准，颁发有机食品证书。
（2）有条件颁证
申请内容基本符合有机食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发有机食品证书。
（3）有机转换颁证
申请人的基地进入转换期一年以上，并继续实施有机转换计划，颁发有机转换基地证书。从有机转换基地收获的产品，按照有机方法加工，可作为有机转换产品，即“转换期有机食品”销售。
（4）拒绝颁证
申请内容达不到有机食品标准要求，技术委员会拒绝颁证，并说明理由。
二、绿色无公害有机的区别
1、无公害农产品指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范，经认证合格获得证书，并允许使用无公害农产品标志的农产品。
2、绿色食品是指遵循可持续发展原则，经专门机构认定，许可使用绿色食品标志。
3、有机产品指来自有机农业生产体系，并且通过合法的有机产品认证机构认证的农副产品及其加工品。
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