育种公司一般采取杂交的方式培育种子，此类种子经过种植可以获得高产，但由于种子基因“不纯”，如果选择自留，结出的果实可能会性状分离，这会造成作物的抗病性变差、减产等情况。
育种公司利用生物的遗传规律，选育出高产、抗性强的种子，再通过相关的育种手段把这些优点整合到某个品种上，如果自留种子，就会暴露出隐藏的缺点，导致产量下降。
一、为什么自留种子会减产
1、自留种子之所以会出现减产的局面，是由于育种公司在培育种子时，往往会采用杂交手段，而杂交会使种子的基因“不纯”。育种公司可以通过各种育种手段，培育出可以高产、丰收的种子，但这些种子若自留，它们结出的果实有可能会发生性状分离，而性状分离则意味着减产、扛倒伏能力变差、抗病性减弱等。
2、育种公司会利用生物的遗传规律，从中选择出产量高、扛倒伏能力强、抗病性好等优势的个体，然后将其通过杂交、自交、回交等各种育种手段将这些优势整合到同一个品种上。这样的杂交种若自留再种植，就会导致它隐藏的缺点被表现出来，从而导致减产。
二、大豆自留种的注意事项
1、不可多年留种
（1）非常多农户在大豆种植过程中多年留种，虽然是降低种植成本，但是很多农户也会发现产量一年不如一年。
（2）这就是多年留种的造成的，连续多年进行自留种，会造成品种老化、品种混杂、种性退化、抗逆性减退，最终导致减产。
（3）所以自留种一定要定期更新，保证种子的质量，通常2-3年就需要重新购买一次种子，这样才可以保证产量稳定。
2、选择适合当地的品种
在购买品种时，非常多的农户喜欢满贯品种。而一旦遇到低温年就会造成损失重大，所以在要根据当地气候环境选择优良品种，应该按照常年积温引种，适合自己的才是最重要的。
3、提纯复壮
（1）留种地块一定要去杂去劣，不可将商品豆简单的筛选后就用作种子，这样的种子质量是不可确保的。应该将不同花色的植株去除，在依据叶型、植株结荚和生长形态不同及时去弱、病、杂株，选择纯度较高、健壮整齐的植株留种。
（2）在成熟后将割起或连根拔起种子植株风干，留株后熟，等过了农忙季节后脱粒。这样留株后熟的好处是有助于种子营养物质的积累，是一种保护种子活力的贮藏方式，种子外面有荚壳保护，可以缓冲种子湿度的变化。
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