防止开袋后长期不用：开袋后长时间不使用，杂菌容易进入袋中，从而改变微生物菌群，降低肥效。
避免在高温干旱条件下施用：气温较高、天气较干旱时，不利于微生物的生存和繁殖，导致它们无法充分发挥作用，所以要在阴天、晴天早晨或傍晚，结合盖土、浇水等措施使用微生物肥料。
避免与未腐熟的农家肥混用：微生物肥料和未腐熟的有机肥堆沤或混用，其中的微生物会被高温灭杀。
一、施用微生物肥料注意事项
1、一是防止开袋后长期不用。如果开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其效果。
2、二是避免在高温干旱条件下施用。在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖就会受到影响，不可发挥应用的作用。应选择阴天或晴天的早晨、傍晚施用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
3、三是避免与未腐熟的农家肥混用。微生物与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响其肥效。同时也要注意防止与过酸过碱的肥料混合施用。
4、四是避免和农药同时施用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。若要施用农药，也应将施用时间错开。不可用过拌过杀虫剂、剂的种子拌微生物肥料。
5、五是微生物肥料主要基肥或种肥施用，不宜叶面喷施。施用微生物肥料，不能代替施用化肥
二、微生物肥料有什么作用
1、提高化肥的利用率
（1）随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。
（2）为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径，而微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。
（3）所以，根据作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥搭配施用，既能确保增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2、生产绿色食品
（1）随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，都在积极发展绿色农业（生态有机农业）来生产、无公害的绿色食品。
（2）生产绿色食品过程中要求不用或尽可能少用（或限量使用）化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。
（3）微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，已用具有特殊功能的菌种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且可以改善农产品的品质。
3、有利于环保
（1）利用微生物的特定功能分解，发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。
（2）目前已应用的主要是两种方式，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料（菌种剂）供应于堆肥厂（场），再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。
（3）另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
4、改良土壤
（1）微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。
（2）所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有助于提高土壤肥力。
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