1、硫含量较高的土壤不宜施用生物菌肥，翻浆水田一般采取喷施法。
2、菌肥施用适温为25-37℃，不宜低于5℃或超过45℃。
3、菌肥不宜和杀菌剂、杀虫剂、除草剂、含硫化肥以及未腐熟农家肥混合使用。
4、施加生物菌肥时，第1、2、3年的菌肥占比分别为30%、40%、60%。
5、一般在作物营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施加菌肥。
一、使用菌肥的基本原则
1、因地制宜：对含硫高的土壤，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。
2、因温制宜：施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适宜土壤的含水量是60%～70%。
3、因混制宜：不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
4、因量制宜：对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%。
5、因时制宜：生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。
二、怎么使用微生物菌肥
1、底肥追肥：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥，和农家肥、化肥混合均匀后撒施或沟施、穴施。
2、果树施肥：如果是幼树，采用环状沟施，每棵树施加200g左右；如果是成年树，采用放射状沟施，每棵树施加0.5-1kg左右。
3、蘸根灌根：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥兑水稀释3-4倍，在移栽的时候进行蘸根，或者是在移栽后其他的时期进行灌根。
4、拌苗床土：每平方米的苗床土使用200-300g的微生物菌肥，混合均匀后播种。
5、花卉种植：每kg的盆土使用10-15g的微生物菌肥作为追肥或者是底肥。
6、冲施：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥与化肥混合后，兑水稀释冲施。
三、对微生称菌肥的常见认知误区
1、肥效快的就是好菌肥：菌肥的好坏跟许多因素有关，不可用肥效快慢来判断，要看土壤作物的情况。
2、肥料含菌的种类越多越好：其实更重要的是施入后的生物菌的存活量，而不是包装上标注的菌的含量。
3、一次使用可以持续一年或多年：环境的改变会导致微生物菌的含量，应该多用几次，让土壤中的有益菌维持比较高的水平，效果才会明显。
4、一些人认为菌肥可以替代化肥：其实这是不可能的。
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